Oxford Nanopore 测序
读长长度不受限制(已超过 4 Mb)
解析复杂和重复基因组区域,例如结构变异和转座子
生成高质量的植物基因组从头组装并校正参考基因组
分析长片段单倍型和定相,并且深入了解多倍体基因组
使用全长转录本精准注释植物基因组
获得异构体水平转录组表征和定量
无扩增直接方案
以检测碱基修饰(例如甲基化)为标准——无需额外制备
消除扩增偏倚、GC-偏倚和读长限制
使用 Cas9 测序试剂盒或实时机上适应性采样,通过无扩增长读长序列拓展靶向测序的效用
灵活、按需
根据您的通量需求调整规模
采用灵活、高通量的 GridION 和 PromethION 设备,处理大型动物基因组项目
无需分批处理样本
简化的工作流程
实时数据流
对于时间紧迫的应用,比如病原体鉴定等,可立即获取结果
当生成足够数据时停止测序——清洗并重复使用测序芯片
使用简单的 EPI2ME 工作流程进行实时微生物分析
弥合植物基因组的测序缺口
本文概述了研究人员如何通过纳米孔测序技术来应对上述难题,并生成高质量、高度连续的植物基因组组装,从而为植物保护和育种带来新的机遇。
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案例分析
结构变异在作物育种中的重要性
甘蓝型油菜 (Brassica napus) 是世界范围内的主要油料作物,在烹饪、生物燃料和动物饲料中广泛使用。甘蓝型油菜基因组的 1.2 Gb 异源四倍体显示了广泛的基因层和染色体层的结构变异 (SV),它们潜藏在重要的表型特征下,例如开花时间、抗病性和种子质量。准确解析这些 SV 有助于改良这些重要的经济作物。德国尤斯图斯-李比希大学的研究人员利用纳米孔长测序读长序列,充分表征和比较了 4 种不同甘蓝型油菜株系的 SV。初始分析了解了平均 SV 长度与特定开花表型的相关性,而 SV 多样性为作物育种历史提供了进一步见解。
从增强植物基因组组装以支持植物保护和育种计划,到基因表达、碱基修饰和植物病原体分析,欢迎在我们的调查方向页面中获取全面信息。